El ecosistema más representado dentro del área de la RBYUN corresponde a la unidad biogeográfica de la Provincia de las Yungas del Dominio Amazónico, también denominada Eco-región de las Yungas Andinas y Provincia Montaneña de Yungas. La RBYUN también incluye una porción de pastizales altoandinos, correspondientes a la Provincia Altoandina del Dominio Andino-Patagónico.
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